محمد موسوی خوئینی در ابتدای انقلاب عضو مجلس پیش نویس قانون اساسی بود همچنین در سال ۵۹ به مدت یک سال رئیس سازمان صداوسیما بود سپس به عنوان نماینده مردم تهران در دوره اول مجلس شورای اسلامی انتخاب شد و در دهه ۶۰ چندین سال عهده دار دادستانی کل کشور بود و در سال ۶۸و پس از فوت حضرت امام ره) از اعضای مجلس خبرگان رهبری بود . گفتنی است  وی که نقش عمده ای در تأیید صلاحیت بنی صدر نیز داشته است در آن مجلس از مخالفان رهبری حضرت آیت الله العظمی خامنه‌ای بوده است. او از هنگام خروج مهدی کروبی از مجمع روحانیون مبارز در سال ۱۳۸۴ دبیر مجمع روحانیون مبارز است. هفته نامه "شما " ارگان حزب موتلفه در یادداشتی پیرامون واقعه 13 آبان 58 با عنوان "رازهای پنهان انقلاب دوم"، به بررسی یکی از نقاط مبهم تاریخ انقلاب در زمینه تأیید صلاحیت ابوالحسن بنی صدر توسط سید محمد موسوی خوئینی ها برای انتخابات ریاست جمهوری دور اول پرداخته است.  در این نوشته با اشاره به گفتگوی موسوی خوئینی ها با هفته نامه شهروند که وی به عنوان رابط و هدایت کننده اصلی دانشجویان در ماجرای تسخیر لانه جاسوسی معرفی شده بود، از اینکه به رغم آگاهی از ارتباط بنی صدر با مأموران سیا براساس اسناد مکشوفه، صلاحیت بنی صدر مورد تأیید قرار گرفت، انتقاد و ضمن بیان برخی تبعات این اقدام افزوده است: آنچنان که از اسناد موجود بر می آید بنی صدر عامل انتقال دیدگاه سیا به منافقین بوده است و در جواب عباس داوری که از وظیفه آنها در شرایط روزهای پایانی خرداد 1360 می پرسد، می گوید: "سران آنها را بزنید" و اینگونه در ششم تیر رهبر معظم انقلاب ترور می کردند و در هفتم تیر شهید بهشتی و 72 تن از مدیران ارشد نظام و در 8 تیر آزادسازی زندانیان منافقین و ترور شهید لاجوردی در دستور قرار می گیرد که ناکام می ماند اما کچویی به جای او به شهادت می رسد و... هر چند دست حمایت الهی بسیاری از نقشه های شوم دیگر آنها را نیز خنثی کرد، نقشه ای همچون حمله نظامی آمریکا که در طبس دچار خشم الهی گردید و اسناد از نقش انکار ناپذیر بنی صدر در از کار انداختن رادارهای مرزی کشور و بمباران اسناد بر جای مانده پس از ناکام ماندن کودتا حکایت می کنند. بقیه در ادامه مطلب..... :. ادامه مطلب .: